長岡 勇也 (Yuya Nagaoka)

自己紹介

• 初めまして、長岡勇也です。ゲノム立体構造とエピゲノム修飾、遺伝子発現の制御関係に興味を持って研究を行っています。 特に、コヒーシンというタンパク質複合体の機能と疾患発症機序に興味を持っており、Hi-CやChIP-seq, scRNA-seqデータを使った研究を行っています。 修士・博士課程ではマウスを用いたがん発症機序（特に、肝細胞がん）の研究を行っていました。 現在はNGSデータ解析を中心として、wetとdry両方こなせる二刀流の研究者を目指しています！
  keywords：Bioinformatics, Epigenomics, NGS analysis, ChIP-seq, RNA-seq, Hi-C, Micro-C, Cohesin

履歴

• 2017年 3月 北里大学 理学部 生物科学学科卒業
• 2019年 3月 東京医科歯科大学大学院 医歯学総合研究科 医歯理工学専攻修了 (修士課程)
  　　　　　　　(難治疾患研究所 発生再生生物学分野)
• 2022年 3月 東京医科歯科大学大学院 医歯学総合研究科 生命理工医療科学専攻修了 (博士課程)
  　　　　　　　(同分野)
• 2022年 4月 東京大学定量生命科学研究所 大規模生命情報解析研究分野 特任研究員
• 2025年 10月 同分野 特任助教

学位

• 博士号（理学）

業績

論文

• Yuya Nagaoka, Ryuichiro Nakato.“Analysis and Visualization of Multiple Hi-C and Micro-C Data with CustardPy” Methods in Molecular Biology. 2025.
• Ryuichiro Nakato*, Toyonori Sakata, Jiankang Wang, Luis Augusto Eijy Nagai, Yuya Nagaoka, Miku Oba Gina, Masashige Bando and Katsuhiko Shirahige*. “Context-dependent perturbations in chromatin folding and the transcriptome by cohesin and related factors” Nature communications. 2023.
• Masahiro Oka, Mayumi Otani, Yoichi Miyamoto, Reiko Oshima, Jun Adachi, Takeshi Tomonaga, Munehiro Asally, Yuya Nagaoka, Kaori Tanaka, Atsushi Toyoda, Kazuki Ichikawa, Shinichi Morishita, Kyoichi Isono, Haruhiko Kosei, Ryuichiro Nakato*, Yasuyuki Ohkawa*, Yoshihiro Yoneda. “Phase-separated nuclear bodies of nucleoporin fusions promote condensation of MLL1/CRM1 and rearrangement of 3D genome structure” Cell Reports. 2023. 28;42(8):112884
• Erika Ishihara*, Yuya Nagaoka* (*Co-first authors), Toshiaki Okuno*, Satoshi Kofuji, Mari Ishigami‐Yuasa, Hiroyuki Kagechika, Kenya Kamimura, Shuji Terai, Takehiko Yokomizo, Yukihiko Sugimoto, Yasuyuki Fujita, Akira Suzuki and Hiroshi Nishina. “Prostaglandin E2 and its receptor EP2 trigger signaling that contributes to YAP‐mediated cell competition” Genes to Cells 2020 25(3):197-214.
• Nozomi Hanzawa, Koshi Hashimoto, Xunmei Yuan, Kenichi Kawahori, Kazutaka Tsujimoto, Miho Hamaguchi, Toshiya Tanaka, Yuya Nagaoka, Hiroshi Nishina, Sumiyo Morita, Izuho Hatada, Tetsuya Yamada, Yoshihiro Ogawa. “Targeted DNA demethylation of the Fgf21 promoter by CRISPR/dCas9-mediated epigenome editing.” Scientific Reports 2020 10(1):5181.

雑誌等

• 長岡勇也, 中戸隆一郎.“CustardPyを用いたゲノム立体構造解析” 実験医学別冊「実験デザインからわかる　マルチオミクス研究実践テキスト」2025年03月21日発行

学会発表

• 2026年
  • Yuya Nagaoka, Koki Gima, Ryuichiro Nakato : Data-driven annotation of the human 3D genome structure using large-scale Hi-C data.
    RIKEN International Symposium Chromosome Dynamics and Functions: A Legacy of SMCs and Beyond. Poster 26 – 27 March 2026. Tokyo, Japan
• 2025年
  • Yuya Nagaoka, Ryuichiro Nakato : Functional analysis of intragenic cohesin binding sites with transcriptional regulation.
    Global insights in life sciences: bridging European and Japanese research (JST-EMBO workshop). Poster 26 – 28 February 2025. EMBL Heidelberg, Germany
• 2024年
  • 長岡勇也、中戸隆一郎 : 遺伝子発現と負に相関する遺伝子内cohesin結合サイトの機能解析
    第 47 回 日本分子生物学会年会. 2P-034 (ポスター発表) 2024年 11月27-29/福岡
  • 長岡勇也、中戸隆一郎 : 遺伝子発現と負の相関を示す遺伝子内コヒーシンサイトの機能解析
    第 4 回 Hi-C研究会. P-03 (ポスター発表) 2024年 11月14-15/千葉
  • Yuya Nagaoka、Ryuichiro Nakato : Functional analysis of intragenic cohesin binding sites negatively correlated with transcriptional regulation
    NIG & RIKEN International Stmposium 2024 SMC Complexes : Orchestrating Diverse Genome Functions. P-63 (Poster), 15-18 Oct. 2024/Plaza Verde at Numazu,Shizuoka,Japan
  • 長岡勇也、中戸隆一郎 : 遺伝子発現と負に相関する遺伝子内cohesin結合サイト(DICs)の機能解析
    第 41 回 染色体ワークショップ・第 22 回核ダイナミクス研究会. P-10 (ポスター発表) 2024年 1月29-31/小田原
• 2023年
  • 長岡勇也、中戸隆一郎 : ヒトがん細胞株の公共Hi-Cデータを用いたゲノム三次元構造解析
    第46回日本分子生物学学会年会. 2P-156 (ポスター発表) 2023年 12月6-8/神戸
• 2020年
  • 長岡勇也、石原えりか、仁科博史 : PGE₂とその受容体EP2誘導性シグナルはYAP依存的細胞競合に必須である
    日本薬学会第140年会. 28M-am11S (口頭発表) 2020年 3月25-28/京都
• 2019年
  • 長岡勇也、仁科博史 : 転写共役因子YAP誘導性肝がん形成機構の解析
    第26回肝細胞研究会. O-18 (口頭発表) 2019年 5月23-24/横浜
• 2018年
  • 長岡勇也、仁科博史 : 転写共役因子YAP誘導性肝がん形成機構の解析
    第25回肝細胞研究会. O1-4 (口頭発表) 2018年 7月12-13/東京
  • 長岡勇也、仁科博史 : 転写共役因子YAP誘導性肝がん形成機構の解明
    日本薬学会第138年会. 27P-pm18s (口頭発表) 2018年 3月25-28/金沢
• 2017年
  • 長岡勇也、仁科博史 : がん原遺伝子産物YAP依存的な肝がん誘導系の確立
    生命科学系学会合同年次大会ConBio2017. 3P-0970 (ポスター発表) 2017年12月6-9日／神戸
  • 長岡勇也、仁科博史 : Hippo経路破綻 (YAP活性化) による肝がん誘導系の確立
    日本薬学会生物系薬学部会主催 第16回 次世代を担う若手ファーマ・バイオフォーラム2017. 1B3 (口頭発表) 2017年9月9-10日／北海道
  • 長岡勇也、宮村憲央、仁科博史 : 転写共役因子YAP依存的な新規肝がん誘導系の確立
    日本生化学会関東支部例会. P-34 (ポスター発表) 2017年6月17日／東京

受賞

• 第16回次世代を担う若手ファーマ・バイオフォーラム2017 優秀発表賞
• 日本生化学会関東支部例会 優秀ポスター賞

所属学会

• 日本バイオインフォマティクス学会（JSBi）
• 日本エピジェネティクス研究会
• 日本分子生物学会